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Géraldine JEAN

ENSEIGNANT-CHERCHEUR


Equipe : COMBI.

: Geraldine.Jeanatls2n.fr

: +33 (0)2 51 12 58 04

Adresse :

Université de Nantes - faculté des Sciences et Techniques ( FST )
Petit Port
2 Chemin de la Houssinière
BP 92208
44322 Nantes Cedex 3

Batiment 34, étage 3, bureau 304



Publications référencées sur HAL

Revues internationales avec comité de lecture (ART_INT)

    • [2] D. Mandakovic, C. Rojas, J. Maldonado, M. Latorre, D. Travisany, E. Delage, A. Bihouee, G. Jean, F. Diaz, B. Fernández-Gómez, P. Cabrera, A. Gaete, C. Latorre, R. Gutierrez, A. Maass, V. Cambiazo, S. Navarrete, D. Eveillard, M. Gonzalez. Structure and co-occurrence patterns in microbial communities under acute environmental stress reveal ecological factors fostering resilience. In Scientific Reports ; éd. Nature Publishing Group, 2018, vol. 8, num. 1.
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01774624
    • [3] G. Fertin, G. Jean, E. Tannier. Algorithms for computing the double cut and join distance on both gene order and intergenic sizes. In Algorithms for Molecular Biology ; éd. BioMed Central, 2017, vol. 12.
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01533200
    • [4] G. Fertin, G. Jean, A. Radulescu, I. Rusu. Hybrid de novo tandem repeat detection using short and long reads. In BMC Medical Genomics ; éd. BioMed Central, 2015, vol. 8, num. Suppl 3.
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01214038
    • [5] V. Sreedharan, S. Schultheiss, G. Jean, A. Kahles, R. Bohnert, P. Drewe, P. Mudrakarta, N. Görnitz, G. Zeller, G. Rätsch. Oqtans: the RNA-seq workbench in the cloud for complete and reproducible quantitative transcriptome analysis.. In Bioinformatics ; éd. Oxford University Press (OUP), 2014.
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00965351
    • [6] M. Dubin, P. Zhang, D. Meng, M. Remigereau, E. Osborne, F. Paolo Casale, P. Drewe, A. Kahles, G. Jean, B. Vilhjálmsson, J. Jagoda, S. Irez, V. Voronin, Q. Song, Q. Long, G. Rätsch, O. Stegle, R. Clark, M. Nordborg. DNA methylation in Arabidopsis has a genetic basis and shows evidence of local adaptation.. In eLife ; éd. eLife Sciences Publication, 2014, vol. 4.
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01162697
    • [7] N. Renseigné, T. Alioto, J. Behr, R. Bohnert, D. Campagna, C. Davis, A. Dobin, P. Engström, T. Gingeras, G. Grant, G. Jean, A. Kahles, P. Kosarev, S. Li, J. Liu, C. Mason, V. Molodtsov, Z. Ning, H. Ponstingl, J. Prins, P. Ribeca, I. Seledtsov, B. Sipos, V. Solovyev, T. Steijger, G. Valle, N. Vitulo, K. Wang, T. Wu, G. Zeller, G. Rätsch, N. Goldman, T. Hubbard, J. Harrow, R. Guigó, P. Bertone. Systematic evaluation of spliced alignment programs for RNA-seq data.. In Nature Methods ; éd. Nature Publishing Group, 2013.
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00909047
    • [8] T. Steijger, J. Abril, P. Engström, F. Kokocinski, M. Akerman, T. Alioto, G. Ambrosini, S. Antonarakis, J. Behr, P. Bertone, R. Bohnert, P. Bucher, N. Cloonan, T. Derrien, S. Djebali, J. Du, S. Dudoit, M. Gerstein, T. Gingeras, D. Gonzalez, S. Grimmond, R. Guigó, L. Habegger, J. Harrow, T. Hubbard, C. Iseli, G. Jean, A. Kahles, J. Lagarde, J. Leng, G. Lefebvre, S. Lewis, A. Mortazavi, P. Niermann, G. Rätsch, A. Reymond, P. Ribeca, H. Richard, J. Rougemont, J. Rozowsky, M. Sammeth, A. Sboner, M. Schulz, S. Searle, N. Solorzano, V. Solovyev, M. Stanke, B. Stevenson, H. Stockinger, A. Valsesia, D. Weese, S. White, B. Wold, J. Wu, T. Wu, G. Zeller, D. Zerbino, M. Zhang. Assessment of transcript reconstruction methods for RNA-seq.. In Nature Methods ; éd. Nature Publishing Group, 2013, vol. 10, num. 12.
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00909081
    • [10] X. Gan, O. Stegle, J. Behr, J. Steffen, P. Drewe, K. Hildebrand, R. Lyngsoe, S. Schultheiss, E. Osborne, V. Sreedharan, A. Kahles, R. Bohnert, G. Jean, P. Derwent, P. Kersey, E. Belfield, N. Harberd, E. Kemen, C. Toomajian, P. Kover, R. Clark, G. Rätsch, R. Mott. Multiple reference genomes and transcriptomes for Arabidopsis thaliana.. In Nature ; éd. Nature Publishing Group, 2011, vol. 477, num. 7365.
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00909088
    • [12] G. Jean, D. Sherman, M. Nikolski. Mining the semantics of genome super-blocks to infer ancestral architectures. In Journal of Computational Biology ; éd. Mary Ann Liebert, 2009, vol. 16, num. 9.
      https://hal.inria.fr/inria-00414692
    • [13] J. Souciet, B. Dujon, C. Gaillardin, M. Johnston, P. Baret, P. Cliften, D. Sherman, J. Weissenbach, E. Westhof, P. Wincker, C. Jubin, J. Poulain, V. Barbe, B. Ségurens, F. Artiguenave, V. Anthouard, B. Vacherie, M. Val, R. Fulton, P. Minx, R. Wilson, P. Durrens, G. Jean, C. Marck, T. Martin, M. Nikolski, T. Rolland, M. Seret, S. Casaregola, L. Despons, C. Fairhead, G. Fischer, I. Lafontaine, V. Leh, M. Lemaire, J. De Montigny, C. Neuveglise, A. Thierry, I. Blanc-Lenfle, C. Bleykasten, J. Diffels, E. Fritsch, L. Frangeul, A. Goeffon, N. Jauniaux, R. Kachouri-Lafond, C. Payen, S. Potier, L. Pribylova, C. Ozanne, G. Richard, C. Sacerdot, M. Straub, E. Talla. Comparative genomics of protoploid Saccharomycetaceae. In Genome Research ; éd. Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2009, vol. 19.
      https://hal.inria.fr/inria-00407511
    • [14] G. Jean, M. Nikolski. Genome rearrangements: a correct algorithm for optimal capping. In Information Processing Letters ; éd. Elsevier, 2007, vol. 104, num. 1.
      https://hal.inria.fr/inria-00274291

Conférences internationales avec comité de lecture et actes (COMM_INT)

    • [15] A. Rodrigues Oliveira, G. Jean, G. Fertin, U. Dias, Z. Dias. Super Short Reversals on Both Gene Order and Intergenic Sizes. In Advances in Bioinformatics and Computational Biology - 11th Brazilian Symposium on Bioinformatics -- BSB 2018, octobre 2018, Niteroi, Brésil.In Springer (éds.), . , 2018.
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02081164
    • [16] G. Fertin, J. Fradin, G. Jean. Algorithmic Aspects of the Maximum Colorful Arborescence Problem. In Theory and Applications of Models of Computation - 14th Annual Conference, avril 2017, Berne, Suisse.
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01524069
    • [18] G. Fertin, G. Jean, A. Radulescu, I. Rusu. DExTaR: Detection of Exact Tandem Repeats based on the de Bruijn graph. In IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM 2014), novembre 2014, Belfast, Irlande.
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01117967
    • [20] S. Schultheiss, G. Jean, J. Behr, R. Bohnert, P. Drewe, N. Görnitz, A. Kahles, P. Mudrakarta, V. Sreedharan, G. Zeller, G. Rätsch. Oqtans: a Galaxy-integrated workflow for quantitative transcriptome analysis from NGS Data. In Seventh International Society for Computational Biology (ISCB) Student Council Symposium 2011, juillet 2011, , Autriche.In BMC Bioinformatics ; éd. BioMed Central, 2011.
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00914308
    • [21] G. Jean. Reconstruction and visualization of genome rearrangements within the Kluyveromyces. In First German / French / European Meeting on Yeast and Filamentous Fungi, mai 2008, Strasbourg, France.
      https://hal.inria.fr/inria-00350613
    • [22] G. Jean, D. Sherman, M. Nikolski. Reconstruction and visualization of genome rearrangements within the Kuyveromyces. In ESF-EMBO Symposium on Comparative Genomics of Eukaryotic Microorganisms, octobre 2007, San Feliu de Guixols, Espagne.
      https://hal.inria.fr/inria-00350567
    • [23] G. Jean. Reconstruction of ancestral genomes within Hemiascomycetes. In Yeast Genome 10th Anniversary, septembre 2006, Brussels, Belgique.
      https://hal.inria.fr/inria-00407497

Conférences nationales avec comité de lecture et actes (COMM_NAT)

    • [24] G. Jean. Méthode in silico pour la reconstruction d'une architecture ancestrale de génome. In JOBIM satellite meeting, juillet 2007, Marseille, France.
      https://hal.inria.fr/inria-00352587

Ouvrages - Chapitres d‘ouvrages et directions d‘ouvrages (OUV)

Theses et HDR (THESE)

    • [26] G. Jean. In silico methods for genome rearrangement analysis: from identification of common markers to ancestral reconstruction.. Thèses : Université Sciences et Technologies - Bordeaux I.
      https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00350900v2
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