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Samuel CHAFFRON

CHERCHEUR

Chercheur

Equipe : COMBI.

: Samuel.Chaffronatls2n.fr

: +33 (0)2 51 12 58 48

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Adresse :

Université de Nantes - faculté des Sciences et Techniques ( FST )
Petit Port
2 Chemin de la Houssinière
BP 92208
44322 Nantes Cedex 3

Batiment 34, étage 3, bureau 310



Publications référencées sur HAL

Revues internationales avec comité de lecture (ART_INT)

    • [1] L. Arsenieff, N. Simon, F. Rigaut-Jalabert, F. Le Gall, S. Chaffron, E. Corre, E. Com, e. bigeard, A. Baudoux. First Viruses Infecting the Marine Diatom Guinardia delicatula. In Frontiers in Microbiology ; éd. Frontiers Media, 2019, vol. 9.
      https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01994588
    • [2] R. Tito, S. Chaffron, C. Caenepeel, G. Lima-Mendez, J. Wang, S. Vieira-Silva, G. Falony, F. Hildebrand, Y. Darzi, L. Rymenans, C. Verspecht, P. Bork, S. Vermeire, M. Joossens, J. Raes. Population-level analysis of Blastocystis subtype prevalence and variation in the human gut microbiota. In Gut ; éd. BMJ Publishing Group, 2018.
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01893208
    • [3] H. Poling, D. Wu, N. Brown, M. Baker, T. Hausfeld, N. Huynh, S. Chaffron, J. Dunn, S. Hogan, J. Wells, M. Helmrath, M. Mahé. Mechanically induced development and maturation of human intestinal organoids in vivo. In Nature Biomedical Engineering ; éd. Nature Publishing Group, 2018, vol. 2, num. 6.
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01816387
    • [4] B. Jagadeesan, P. Gerner-Smidt, M. Allard, S. Leuillet, A. Winkler, Y. Xiao, S. Chaffron, J. Vossen, S. Tang, M. Katase, P. Mcclure, B. Kimura, L. Ching Chai, J. Chapman, K. Grant. The Use of Next Generation Sequencing for Improving Food Safety: Translation into practice. In Food Microbiology ; éd. Elsevier, 2018.
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01934206
    • [5] K. Stec, L. Caputi, P. Buttigieg, D. D'Alelio, F. Ibarbalz, M. Sullivan, S. Chaffron, C. Bowler, M. Ribera D'Alcalà, D. Iudicone. Modelling plankton ecosystems in the meta-omics era. Are we ready?. In Marine Genomics ; éd. Elsevier, 2017, vol. 32.
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01584309
    • [6] K. Stec, L. Caputi, P. Buttigieg, D. D'Alelio, F. Ibarbalz, M. Sullivan, S. Chaffron. Modelling plankton ecosystems in the meta-omics era. Are we ready?. In Mar Genomics, vol. 32. 2017
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01518383
    • [7] G. Falony, M. Joossens, S. Vieira-Silva, J. Wang, Y. Darzi, K. Faust, A. Kurilshikov, M. Bonder, M. Valles-Colomer, D. Vandeputte, R. Tito, S. Chaffron, L. Rymenans, C. Verspecht, L. De Sutter, G. Lima-Mendez, K. D'Hoe, K. Jonckheere, D. Homola, R. Garcia, E. Tigchelaar, L. Eeckhaudt, J. Fu, L. Henckaerts, A. Zhernakova, C. Wijmenga, J. Raes. Population-level analysis of gut microbiome variation. In Science ; éd. American Association for the Advancement of Science, 2016, vol. 352, num. 6285.
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01518384
    • [8] S. Vieira-Silva, G. Falony, Y. Darzi, G. Lima-Mendez, R. Garcia Yunta, S. Okuda, D. Vandeputte, M. Valles-Colomer, F. Hildebrand, S. Chaffron, J. Raes. Species-function relationships shape ecological properties of the human gut microbiome. In Nat Microbiol, vol. 1, num. 8. 2016
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01518385
    • [9] L. Guidi, S. Chaffron, L. Bittner, D. Eveillard, A. Larhlimi, S. Roux, Y. Darzi, S. Audic, L. Berline, J. Brum, L. Coelho, J. Espinoza, S. Malviya, S. Sunagawa, C. Dimier, S. Kandels-Lewis, M. Picheral, J. Poulain, S. Searson, L. Stemmann, F. Not, P. Hingamp, S. Speich, M. Follows, L. Karp-Boss, E. Boss, H. Ogata, S. Pesant, J. Weissenbach, P. Wincker, S. Acinas, P. Bork, D. Iudicone, M. Sullivan, J. Raes, E. Karsenti, C. Bowler, G. Gorsky. Plankton networks driving carbon export in the oligotrophic ocean. In Nature ; éd. Nature Publishing Group, 2016, vol. 532.
      https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01275276
    • [10] G. Lima-Mendez, K. Faust, N. Henry, J. Decelle, S. Colin, F. Carcillo, S. Chaffron, J. Ignacio-Espinosa, S. Roux, F. Vincent, L. Bittner, Y. Darzi, J. Wang, S. Audic, L. Berline, G. Bontempi, A. Cabello, L. Coppola, F. Cornejo-Castillo, F. D'Ovidio, L. Meester, I. Ferrera, M. Garet-Delmas, L. Guidi, E. Lara, S. Pesant, M. Royo-Llonch, G. Salazar, P. Sánchez, M. Sebastian, C. Souffreau, C. Dimier, M. Picheral, S. Searson, S. Kandels-Lewis, T. Coordinators, G. Gorsky, F. Not, H. Ogata, S. Speich, L. Stemmann, J. Weissenbach, P. Wincker, S. Acinas, S. Sunagawa, P. Bork, M. Sullivan, E. Karsenti, C. Bowler, C. de Vargas, J. Raes. Determinants of community structure in the global plankton interactome. In Science ; éd. American Association for the Advancement of Science, 2015, vol. 348, num. 6237.
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01234200
    • [11] J. Brum, J. Ignacio-Espinoza, S. Roux, G. Doulcier, S. Acinas, A. Alberti, S. Chaffron, C. Cruaud, J. Gasol, G. Gorsky, A. Gregory, L. Guidi, P. Hingamp, D. Iudicone, F. Not, H. Ogata, S. Pesant, B. Poulos, S. Schwenck, S. Speich, C. Dimier, S. Kandels-Lewis, M. Picheral, S. Searson, P. Bork, C. Bowler, S. Sunagawa, P. Wincker, E. Karsenti, M. Sullivan, T. Coordinators. Patterns and ecological drivers of ocean viral communities. In Science ; éd. American Association for the Advancement of Science, 2015, vol. 348, num. 6237.
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01253982
    • [12] N. Le Bescot, I. Probert, M. Carmichael, J. Poulain, S. Romac, s. COLIN, J. Aury, L. Bittner, S. Chaffron, M. Dunthorn, S. Engelen, O. Flegontova, L. Guidi, A. Horák, O. Jaillon, G. Lima-Mendez, J. Lukes, S. Malviya, R. Morard, M. Mulot, E. Scalco, R. Siano, F. Vincent, A. Zingone, C. Dimier, M. Picheral, S. Searson, S. Kandels-Lewis, S. Acinas, P. Bork, C. Bowler, G. Gorsky, N. Grimsley, P. Hingamp, D. Iudicone, F. Not, H. Ogata, S. Pesant, J. Raes, M. Sieracki, S. Speich, L. Stemmann, S. Sunagawa, J. Weissenbach, P. Wincker, E. Karsenti, T. Coordinators, S. Audic, N. Henry, J. Decelle, F. Mahé, R. Logares, E. Lara, C. Berney. Eukaryotic plankton diversity in the sunlit ocean. In Science ; éd. American Association for the Advancement of Science, 2015, vol. 348, num. 6237.
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01253979
    • [13] Y. Takeuchi, S. Chaffron, M. Salcher, R. Shimizu-Inatsugi, M. Kobayashi, B. Diway, C. Mering, J. Pernthaler, K. Shimizu. Bacterial diversity and composition in the fluid of pitcher plants of the genus Nepenthes. In Syst Appl Microbiol, vol. 38, num. 5. 2015
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01518386
    • [14] S. Sunagawa, L. Coelho, S. Chaffron, J. Kultima, K. Labadie, G. Salazar, B. Djahanschiri, G. Zeller, D. Mende, A. Alberti, F. Cornejo-Castillo, P. Costea, C. Cruaud, F. D'Ovidio, S. Engelen, I. Ferrera, J. Gasol, L. Guidi, F. Hildebrand, F. Kokoszka, C. Lepoivre, G. Lima-Mendez, J. Poulain, B. Poulos, M. Royo-Llonch, H. Sarmento, S. Vieira-Silva, C. Dimier, M. Picheral, S. Searson, S. Kandels-Lewis, (. Tara Oceans coordinators, C. Bowler, C. de Vargas, G. Gorsky, N. Grimsley, P. Hingamp, D. Iudicone, O. Jaillon, F. Not, H. Ogata, S. Pesant, S. Speich, L. Stemmann, M. Sullivan, J. Weissenbach, P. Wincker, E. Karsenti, J. Raes, S. Acinas, P. Bork. Structure and function of the global ocean microbiome. In Science ; éd. American Association for the Advancement of Science, 2015, vol. 348, num. 6237.
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01233742
    • [15] J. Brum, J. Ignacio-Espinoza, S. Roux, G. Doulcier, S. Acinas, A. Alberti, S. Chaffron, C. Cruaud, C. de Vargas, J. Gasol, G. Gorsky, A. Gregory, L. Guidi, P. Hingamp, D. Iudicone, F. Not, H. Ogata, S. Pesant, B. Poulos, S. Schwenck, S. Speich, C. Dimier, S. Kandels-Lewis, M. Picheral, S. Searson, P. Bork, C. Bowler, S. Sunagawa, P. Wincker, E. Karsenti, M. Sullivan, C. Ignacio-Espinoza, M. Gasol, C. Gregory, M. Schwenck. Patterns and ecological drivers of ocean viral communities. In Science ; éd. American Association for the Advancement of Science, 2015, vol. 348, num. 6237.
      https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01768331
    • [16] C. Knief, N. Delmotte, S. Chaffron, M. Stark, G. Innerebner, R. Wassmann, C. Mering, J. Vorholt. Metaproteogenomic analysis of microbial communities in the phyllosphere and rhizosphere of rice. In ISME J, vol. 6, num. 7. 2012
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01518387
    • [17] B. Stecher, S. Chaffron, R. Kappeli, S. Hapfelmeier, S. Freedrich, T. Weber, J. Kirundi, M. Suar, K. McCoy, C. Mering, A. Macpherson, W. Hardt. Like will to like: abundances of closely related species can predict susceptibility to intestinal colonization by pathogenic and commensal bacteria. In PLoS Pathogens ; éd. Public Library of Science, 2010, vol. 6, num. 1.
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01518388
    • [18] K. Endt, B. Stecher, S. Chaffron, E. Slack, N. Tchitchek, A. Benecke, L. Van Maele, J. Sirard, A. Mueller, M. Heikenwalder, A. Macpherson, R. Strugnell, C. Von Mering, W. Hardt. The microbiota mediates pathogen clearance from the gut lumen after non-typhoidal salmonella diarrhea.. In PLoS Pathogens ; éd. Public Library of Science, 2010, vol. 6, num. 9.
      https://www.hal.inserm.fr/inserm-00520162
    • [19] S. Chaffron, H. Rehrauer, J. Pernthaler, C. Mering. A global network of coexisting microbes from environmental and whole-genome sequence data. In Genome Res, vol. 20, num. 7. 2010
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01518389
    • [20] L. Jensen, M. Kuhn, M. Stark, S. Chaffron, C. Creevey, J. Muller, T. Doerks, P. Julien, A. Roth, M. Simonovic, P. Bork, C. Mering. STRING 8―a global view on proteins and their functional interactions in 630 organisms. In Nucleic Acids Res, vol. 37, num. Database issue. 2009
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01518390
    • [21] N. Delmotte, C. Knief, S. Chaffron, G. Innerebner, B. Roschitzki, R. Schlapbach, C. Mering, J. Vorholt. Community proteogenomics reveals insights into the physiology of phyllosphere bacteria. In Proc Natl Acad Sci U S A, vol. 106, num. 38. 2009
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01518391
    • [22] B. Stecher, R. Robbiani, A. Walker, A. Westendorf, M. Barthel, M. Kremer, S. Chaffron, A. Macpherson, J. Buer, J. Parkhill, G. Dougan, C. Mering, W. Hardt. Salmonella enterica serovar typhimurium exploits inflammation to compete with the intestinal microbiota. In PLoS Biology ; éd. Public Library of Science, 2007, vol. 5, num. 10.
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01518394
    • [23] C. Mering, L. Jensen, M. Kuhn, S. Chaffron, T. Doerks, B. Kruger, B. Snel, P. Bork. STRING 7―recent developments in the integration and prediction of protein interactions. In Nucleic Acids Res, vol. 35, num. Database issue. 2007
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01518392

Conférences internationales avec comité de lecture et actes (COMM_INT)

    • [25] D. Eveillard, L. Guidi, L. Bittner, S. Chaffron, J. Raes, E. Karsenti, C. Bowler, G. Gorsky. Revealing and analyzing networks of marine microbial ecosystems. In Conférence Jacques Monod - Marine Ecosystems Biology, 2015, Roscoff, France.
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01176727

Ouvrages - Chapitres d‘ouvrages et directions d‘ouvrages (OUV)

    • [26] L. Bittner, L. Guidi, S. Chaffron, D. Eveillard. Les microbiomes de l'océan : une démarche à haut débit pour une compréhension globale et systémique. In Microbiodiversité : un nouveau regard. 01-12-2018
      https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01996304
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