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Sujet de thèse - 2020

Aspects Algorithmiques de l’Identification de Peptides et de l’Inférence de Protéines par Spectrométrie de Masse


Période : Septembre 2020

Résumé

La spectrométrie de masse est une technique fréquemment utilisée pour déterminer quelles protéines sont présentes dans un mélange. Les logiciels qui répondent à cette question procèdent en deux étapes : l’identification de peptides, puis l’inférence des protéines. Chacune de ces deux étapes correspond en soi à un problème d’optimisation. Ces problèmes ont été très peu étudiés d’un point de vue algorithmique, et souvent « résolus » par des heuristiques simples. Cette thèse vise à étudier de façon poussée les aspects algorithmiques formels sous-jacents à ces problèmes. Le but est de produire des méthodes de meilleure qualité, et suffisamment rapides expérimentalement.

Mots-clés

Algorithmes, complexité algorithmique, graphes, spectrométrie de masse, protéomique.

Date limite de candidature (sur le site de l’ED MathSTIC) : 25 avril 2020.

Pour toutes questions vous pouvez contacter : geraldine.jean@univ-nantes.fr, guillaume.fertin@univ-nantes.fr

Instructions pour la candidature

Il faut postuler directement sur le site de l’ED MathSTIC (date limite 25 avril 2020).
https://theses.doctorat-bretagneloire.fr/mathstic/theses2020 (en choisissant ensuite le laboratoire LS2N, puis l’offre de thèse à laquelle vous voulez postuler)

Fiche descriptive :
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