Mining Host-Microbiome Interactions using Natural Language Processing

Résumé

Le sujet de thèse proposé porte sur l’extraction de relations entre espèces de microbiotes humains, et leurs relations avec des gènes, biomolécules, et maladies, à partir de la littérature scientifique, en utilisant des techniques de traitement automatique des langues. Nous nous intéresserons plus particulièrement aux articles traitant du microbiote intestinal et du microbiote pulmonaire et nous validerons les résultats obtenus grâce à une collaboration étroite avec des chercheurs du CHU de Nantes travaillant sur ces deux microbiotes et leur rôle dans les maladies inflammatoires.

Abstract

The proposed PhD thesis concerns the extraction of relations between human microbiota species, and their relationships with genes, biomolecules, and diseases, from scientific papers, using natural language processing techniques. We will focus on papers dealing with the gut microbiota and the lung microbiota and we will validate the results obtained through a close collaboration with researchers from the University Hospital of Nantes working on these two microbiota and their role in inflammatory diseases.