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Soutenance de thèse de Misbah RAZZAQ (équipe COMBI)

Misbah Razzaq, doctorante au sein de l’équipe COMBI, soutiendra sa thèse intitulée « Integrating Phosphoproteomic Time Series Data into Prior Knowledge Networks » / « Intégration de données de séries temporelles phosphoprotéomiques dans des réseaux de connaissances antérieurs »

mercredi 5 décembre 2018 à 14h dans l’amphi du bâtiment S sur le site de Centrale Nantes.

Jury : Jérémie Bourdon (directeur de thèse), Carito Guziolowski (co encadrante), Thomas Sauter (rapporteur, Université du Luxembourg), Céline Rouveirol (rapporteur, Institut Galilée), Frédéric Saubion (LERIA), Sara-June Dunn (Microsoft Research, Cambridge), Sabine Peres (Université Paris Sud)

Abstract: Traditional canonical signaling pathways help to understand overall signaling processes inside the cell. Large scale phosphoproteomic data provide insight into alterations among different proteins under different experimental settings. Our goal is to combine the traditional signaling networks with complex phosphoproteomic time-series data in order to unravel cell specific signaling networks. On the application side, we apply and improve a caspo time series method conceived to integrate time series phosphoproteomic data into protein signaling networks. We use a large-scale real case study from the HPN-DREAM Breast Cancer challenge.
We infer a family of Boolean models from multiple perturbation time series data of four breast cancer cell lines given a prior protein signaling network. The obtained results are comparable to the top performing teams of the HPN-DREAM challenge. We also discovered that the similar models are clustered together in the solutions space. On the computational side, we improved the method to discover diverse solutions and improve the computational time.

Keywords: signaling networks, logic programming, model checking, cell lines

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Résumé : Les voies de signalisation canoniques traditionnelles aident à comprendre l’ensemble des processus de signalisation à l’intérieur de la cellule. Les données phosphoprotéomiques à grande échelle donnent un aperçu des altérations entre différentes protéines dans différents contextes expérimentaux. Notre objectif est de combiner les réseaux de signalisation traditionnels avec des données de séries temporelles phosphoprotéomiques complexes afin de démêler les réseaux de signalisation spécifiques aux cellules. Côté application, nous appliquons et améliorons une méthode de séries temporelles caspo conçue pour intégrer des données phosphoprotéomiques de séries temporelles dans des réseaux de signalisation de protéines. Nous utilisons une étude de cas réel à grande échelle tirée du défi HPN-DREAM Breast Cancer.
Nous déduisons une famille de modèles booléens à partir de données de séries temporelles de perturbations multiples de quatre lignées cellulaires de cancer du sein, compte tenu d’un réseau de signalisation protéique antérieur. Les résultats obtenus sont comparables aux équipes les plus performantes du challenge HPN-DREAM. Nous avons découvert que les modèles similaires sont regroupés dans l’espace de solutions. Du côté informatique, nous avons amélioré la méthode pour découvrir diverses solutions et améliorer le temps de calcul.

 

Soutenance de thèse d’Adel HASSAN (équipe AeLoS)

Adel Hassan, doctorant au sein de l’équipe AeLoS, soutiendra sa thèse intitulée « Styles et méta-styles: Une autre façon de réutiliser l’évolution d’architectures logicielles« .

lundi 24 septembre 2018 à 10h30, dans l’amphi du bâtiment 34 sur le site de la FST.

Jury : Mourad Oussalah (directeur), Kamel BARKAOUI (rapporteur, CNAM), Henri BASSON (rapporteur, Université du Littoral), Isabelle BORNE (Université de Bretagne Sud), Christian Attiogbé, Djamel SERIAI (LIRMM)

Résumé : Au cours des dernières années, la taille et la complexité des systèmes logiciels ont considérablement augmenté, rendant le processus d’évolution plus complexe et consommant ainsi beaucoup de ressources. C’est pourquoi, l’architecture logicielle est devenue l’un des éléments les plus importants dans la planification et la mise en oeuvre du
processus d’évolution. Cette abstraction permet une meilleure compréhension des décisions de conception prises précédemment et un bon moyen d’explorer, d’analyser et de comparer des scenarii alternatifs de l’évolution. Fort de constat, nous avons introduit une approche de styles d’évolution afin de capitaliser les pratiques d’évolution récurrentes dans un domaine particulier et de favoriser leur réutilisation. Dans cette thèse, nous préconisons en spécifiant un cadre de modélisation standard conforme à différents styles
d’évolution et pouvant satisfaire les préoccupations de différentes équipes impliquées dans un processus d’évolution. Afin de relever les défis de la réutilisation de l’évolution de l’architecture logicielle, nous nous fixons comme objectif: D’abord, d’introduire un style de méta-évolution qui spécifie les éléments conceptuels de base nécessaires à la modélisation de l’évolution; ensuite, de décrire une nouvelle méthodologie pour développer un style d’évolution selon plusieurs vues et plusieurs abstractions. Cette approche multi-vues/multi-abstractions permet de réduire la complexité du modèle de processus d’évolution en décomposant un style d’évolution en plusieurs vues et abstractions
pertinentes. Enfin, pour la validité et la faisabilité de notre approche, nous avons développé un prototype basé sur la plateforme de méta-modélisation ADOxx.

Mots-clés : Style d’évolution, Réutilisation de l’évolution, Architecture Logicielle.

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Title: Style and Meta-Style: Another Way to Reuse Software Architecture Evolution

Abstract: Over the last years, the size and complexity of software systems has been dramatically increased, making the evolution process more complex and consuming a great deal of resources. Consequently, software architecture is becoming an important artifact in planning and carrying out the evolution process. It can provide an overall structural view of the system without undue focus on low-level details. This view can provide a deep understanding of previous design decisions and a means of analysing and comparing alternative evolution scenarios. Therefore, software architecture evolution has gained significant importance in developing methods, techniques and tools that can help architects to plan evolution. To this end, an evolution styles approach has been introduced with the aim of capitalising on the recurrent evolution practices and of fostering their reuse.
In this thesis, we endeavour to tackle the challenges in software architecture evolution reuse by specifying a standard modeling framework that can conform to different evolution styles and satisfy the concerns of the different stakeholder groups. The primary contribution of this thesis is twofold. First, it introduces a meta-evolution style which
specifies the core conceptual elements for software architecture evolution modeling. Second, it introduces a new methodology to develop a multi-view & multi-abstraction evolution style in order to reduce the complexity of the evolution model by breaking down an evolution style into several views, each of which covers a relevant set of aspects. The central ideas are embodied in a prototype tool in order to validate the applicability and feasibility of the proposed approaches.

Keywords: Evolution style, Evolution reuse, Software architecture.

Soutenance de thèse de Marija TOMIC (équipe ReV) | Thesis defence of Marija Tomic

Marija Tomic, doctorante au sein de l’équipe ReV, soutiendra sa thèse intitulée « Manipulation Robotique à deux mains inspirée des aptitudes humaines »

mercredi 4 juillet 2018 à 16h, à la Faculté de génie électrique de l’Université de Belgrade (Serbie).

Jury : Christine Chevallereau (directrice de thèse), Kosta Jovanovic (co-directeur, Université de Belgrade), Philippe Fraisse (rapporteur, LIRMM), Zeljko Durovic (rapporteur, Université de Belgrade), Yannick Aoustin, Aleksandar Rodic (Institut Mihailo Pupin, Belgrade)

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