Les crises sanitaires récentes, notamment à bord des navires, ont mis en évidence la vulnérabilité des environnements confinés face à la propagation des agents infectieux. Les navires militaires sont d’autant plus concernés que les conséquences d’une épidémie à bord dépassent le seul enjeu sanitaire et peuvent compromettre la disponibilité de l’équipage et la conduite de la mission. Ces crises récurrentes et les enjeux opérationnels soulignent l’intérêt d’intégrer des solutions limitant la présence et la propagation des pathogènes infectieux à bord. La thèse vise ainsi à développer une méthodologie adaptée au contexte du naval militaire pour identifier, évaluer et maîtriser les risques biologiques à bord. Une démarche intégrée est proposée, visant à accroître la résilience biologique des navires militaires. Tout d’abord, une méthode de hiérarchisation des risques biologiques selon leur criticité opérationnelle permet d’identifier les risques les plus critiques pour les navires militaires. Cette étape est suivie du développement d’une méthode de modélisation hybride de la propagation d’une épidémie à bord couplant plusieurs modèles épidémiologiques pour intégrer les caractéristiques des agents infectieux, les comportements individuels et l’architecture des navires. Cette méthode est implémentée dans un outil d’aide à la décision fournissant aux architectes navals les indicateurs de performances dans les choix de solutions architecturales, organisationnelles ou technologiques. Sa pertinence est démontrée à travers son application à un cas industriel représentatif, permettant d’identifier les locaux critiques, de caractériser les mécanismes de propagation et de quantifier l’influence de l’architecture et des systèmes intégrés sur la propagation d’une épidémie à bord. Ces travaux proposent ainsi un cadre d’aide à la décision intégrant la résilience biologique comme critère de conception et d’évolution des navires militaires.