JS 2017 – Colloque 14 : Journée Réseaux du GDR Génomique Environnementale

La génomique environnementale a connu ces dernières années une véritable révolution avec l’avènement des données à haut-débit. Il est aujourd’hui possible de séquencer les génomes et l’expression de l’ensemble des gènes d’un environnement donné grâce à la métagénomique. Si les échantillons et ces données d’un nouveau genre sont de plus en plus accessibles, leurs analyses restent néanmoins difficiles. Elles nécessitent en effet la mise en place de protocoles dédiés qui associent des méthodes de biostatistiques, de bioinformatique ou de modélisation biologique.

Afin d’accompagner l’émergence de ce nouvel axe de recherche, il est nécessaire de renforcer les collaborations méthodologiques. Pour cela, le colloque a pour but de réunir un public interdisciplinaire (biologie, génomique, écologie, mathématique, et informatique) pour présenter les récentes avancées informatiques pour l’analyse des données de métagénomique.

Cette journée est soutenue par le GDR Bioinformatique Moléculaire, le GDR Génomique Environnementale et le projet régional GRIOTE.

Programme :

9h–9h30 : Accueil
9h30–10h20 : Keynote 1 : Microbial communities andinteractions at the plant-climate interface
Corinne Vacher, INRA, UMR BioGeCo, Bordeaux
10h20–10h40 : Les réseaux pour analyser les flux de gènes au sein des écosystèmes : application à l’étude des gènes de résistance aux antibiotiques
Cléa Siguret, Université Clermont Auvergne, CNRS, Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement, Clermont-Ferrand
10h40–11h : Ecological network as a promising approach to decipher the role of microbial communities in soil ecosystems
Battle Karimi, INRA, UMR1347 Agroécologie, Dijon
11h–11h30 : Pause-café
11h30–12h : De la génétique des populations à l’écologie microbienne, quelques exemples d’analyse de réseaux en biologie environnementale
Yann Moalic, Laboratoire de Microbiologie des environnements extrêmes, Plouzané
12h – 12h20 : Simplification and classification of read networks
Léo Planche, MAP5, IRIF, Université Sorbonne Paris Cité
12h20 – 12h40 : The use of sequence similarity network to explore functional diversity of dinoflagellates
Arnaud Meng, Sorbonne Universités, UPMC Univ Paris 6, Univ Antilles Guyane, Univ Nice Sophia Antipolis, CNRS, Evolution Paris Seine – Institut de Biologie Paris Seine (EPS – IBPS), Paris

12h40–14h : Déjeuner

14h–14h50 : Keynote 2 : Multi-stability and the origin of microbial community types
Karoline Faust, Laboratory of Molecular Bacteriology, KU Leuven
14h50–15h10 : Analyse des rôles fonctionnels d’espèces au sein d’une communauté bactérienne
Philippe Bordron, Station Biologique de Roscoff
15h10–15h30 : Building functional modules of millions of orthologs through large-scale environmental genomic expression data
Clovis Galiez, Computational Biology group, Max-Planck Institute for Biophysical Chemistry
15h30–16h : Pause-café
16h–16h20 : Detecting changepoints along ecological gradients using co-occurrence networks
Matthieu Mulot, Station Biologique de Roscoff
16h20–16h40 : Plankton networks correlated to the biological carbon pump in the global ocean
Anne-Sophie Benoiston, Sorbonne Universités, UPMC Univ Paris 06, CNRS, Institut de Biologie Paris-Seine (IBPS), Evolution Paris Seine et Laboratoire d’Océanographie de Villefranche (LOV), Paris
16h40–17h : Modeling Genome Scale Microbial Systems using Constrained Based Models
Marko Budinich, LS2N, Nantes
17h–17h20 : Phylogenetic and Functional gene cooccurrence networks in complex microbial mat metagenomes
Ana Gutierrez-Preciado, CNRS UMR 8079, Unité d’Ecologie, Systématique et Evolution, Orsay
17h30 : Clôture du colloque