L’INTELLIGENCE SCIENTIFIQUE AU CŒUR D’UN MONDE NUMÉRIQUE
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PLATEFORMES MATÉRIELLES
Infrastructure analytique
Bioinformatique
BiRD
Sciences du vivantGouvernance
- Infrastructure nationale de l’Institut Français de Bio-informatique (IFB).
- Co-dirigée par l’Institut du Thorax, unité de recherche en biologie et santé, et le LS2N.
Objectifs
Le Hub BiRD apporte un soutien matériel et humain aux chercheurs en informatique et en sciences du vivant dans la gestion, l’intégration et l’analyse et la modélisation des données biologiques en particulier omiques. Il mutualise pour cela des ressources humaines, des expertises, des ressources logicielles et des jeux de données.
Il a pour ambition de :
- renforcer et pérenniser l’expertise des laboratoires en bio-analyse
- faciliter l’analyse, l’accès et la réutilisation des masses de données hétérogènes
- rendre opérationnels et accessibles, à grande échelle, les méthodes développées dans les équipes de recherche partenaires
- participer à l’offre de formation dans les domaines des sciences de la vie et du numérique.
Caractéristiques
Le Hub BiRD dispose d’une expertise :
- en analyse de données génétiques, transcriptomiques et métagénomiques dans différentes spécialités médicales : cancérologie, endocrinologie – diabétologie – nutrition, ou encore immunologie
- dans le développement d’outils et workflows bioinformatiques standardisés, et de standards pour l’interoperabilité
- en graphes de connaissances pour l’intégration des données hétérogènes et le partage des données génomiques dans des environnements sécurisés.
Une infrastructure de calcul performante et accessible à distance
BiRD s’appuie sur l’infrastructure de calcul intensif et de stockage du mésocentre régional (GLICID) permettant le traitement de données de séquençage à grande échelle.
Un environnement intégré pour l’analyse bioinformatique
Les utilisateurs bénéficient d’un accès à des environnements de calcul et à des services facilitant le déploiement et l’exécution de pipelines d’analyse.
Cette infrastructure est gérée de manière collégiale par l’ensemble des acteurs nantais de la bioinformatique et intègre des chercheurs et des ingénieurs issus de laboratoires de recherche en biologie, en santé et en informatique.
Public cible
Utilisateurs externes
Le Hub BiRD a un rayonnement national, avec la participation à des projets structurants (ABRomics, Cloud4SAMS) en collaboration avec l’Institut français de bioinformatique (IFB)
- Plateforme ouverte à tous les scientifiques, indépendamment de leur institution d’accueil.
- Communautés de biologistes et médecins : offre de services basée sur les expertises de recherche du LS2N.
Utilisateurs internes et académiques
- Équipe ComBi
Vitrine pour les développements bioinformatiques : diffusion et professionnalisation de ses outils, comme HUMESS, MAGNETO, MiBiOMICS et pyBRAVO. - Équipe GDD
Fédération sécurisée de graphes de connaissances dans le contexte biomédical. - Équipe STACK
Conteneurs logiciels sécurisés et de l’exécution répartie d’analyses de données sur infrastructures « cloud » multi-sites
Projets de recherche en lien avec la plateforme
Pôle SDDABROMICS-PF
A numerical platform to store, integrate, analyse and share multi-omics data about antimicrobial resistance
Créer une plateforme nationale pour accélérer la recherche et la surveillance de l’antibiorésistance