L’INTELLIGENCE SCIENTIFIQUE AU CŒUR D’UN MONDE NUMÉRIQUE
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« Analyser les données biologiques, modéliser et simuler les systèmes complexes pour analyser, comprendre et prédire le vivant, des molécules aux éco-systèmes »
Rattachée au Laboratoire des Sciences du Numérique de Nantes, LS2N, cette équipe participe à l’ambition du laboratoire de structurer la recherche numérique en Pays de la Loire.
Elle mobilise des compétences scientifiques de haut niveau pour répondre aux défis scientifiques actuels en synergie avec des partenaires académiques et industriels.
Dynamique scientifique de l’équipe
Structuration par pôles
Science des Données et de la Décision – SDDConcevoir et développer des méthodes génériques pour la modélisation, l’intégration, l’optimisation, la décision et la restitution des résultats.
Composante(s) d’expertise associée(s) à l’équipe
Périmètre scientifique de l’équipe
Objectifs Scientifiques
L’équipe ComBi développe des méthodes informatiques pour la modélisation, l’analyse et l’interprétation de systèmes biologiques complexes et de données expérimentales. Ses recherches mobilisent des expertises en théorie des graphes, algorithmique, modélisation logique, programmation par contraintes et modélisation probabiliste afin de concevoir des approches adaptées aux problématiques de la biologie, de l’écologie, de la chimie et de la physique.
L’équipe inscrit ses travaux dans une démarche résolument interdisciplinaire, en développant des modèles et des méthodes capables d’identifier des propriétés émergentes des systèmes vivants à partir de données expérimentales. Ses recherches visent à mieux comprendre l’organisation et le fonctionnement du vivant grâce à l’apport des sciences du numérique.
Domaines d’application
- Santé,
- Sciences du vivant (biologie et nutrition),
- Environnement (écologie et océan).
Plateformes logicielles et matérielles
Matériels
Projets de recherche en cours
Thème SDVPôle SDD- ComBi
PeptidOMS
Approches numériques innovantes en peptidomique : le pari des stratégies OMS
Développer de nouvelles méthodes d’identification des peptides adaptées à la peptidomique
Thème SDVPôle SDD- ComBi
SEASCALES
Unveiling Temperature-driven Adaptation Through Protein Variants in Cosmopolitan Protist Plankton
Comprendre comment le plancton s’adapte au réchauffement des océans
Thème SDVPôle SDD- ComBi
SEASONING
Modélisation des interactions métaboliques des communautés microbiennes planctoniques marines dans l’espace et le temps
Comprendre les interactions métaboliques qui structurent les communautés microbiennes marines
Thème SDVPôle SDD- ComBi
TaxCy
Une taxonomie intégrative pour élucider les liens entre écologie et évolution des alpha-cyanobactéries, un composant majeur des communautés microbiennes aquatiques
Développer une nouvelle classification des cyanobactéries pour mieux comprendre leur rôle dans les écosystèmes aquatiques
Thème SDVPôle SDD- ComBi
METAGRiN
Inferring Metabolic Networks From Transcriptomic Data: A Gateway To Understand Fate Control By Metabolism In The Epiblast
Développer de nouvelles méthodes d’analyse des données biologiques pour mieux comprendre le rôle du métabolisme dans le destin cellulaire
Thème SDVPôle SDD- ComBi
FUTURE-OBS
Développer des observatoires augmentés pour mieux comprendre l’évolution des socio-écosystèmes côtiers
Développer des observatoires augmentés pour mieux comprendre l’évolution des socio-écosystèmes côtiers
Thème SDVPôle SDD- ComBi
ABROMICS-PF
A numerical platform to store, integrate, analyse and share multi-omics data about antimicrobial resistance
Créer une plateforme nationale pour accélérer la recherche et la surveillance de l’antibiorésistance
Thème SDVPôle SDD- ComBi
BlueRemediomics
Harnessing the marine microbiome for novel sustainable biogenics and ecosystem services
Développer une plateforme bioinformatique intégrée pour explorer le potentiel des microbiomes marins et accélérer la découverte de nouvelles applications