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Organisation du workshop SMPGD 2022 (Statistical Methods for Post Genomic Data) à Nantes

Le workshop SMPGD 2022 (Statistical Methods for Post Genomic Data) sera organisé à Nantes les 20 et 21 janvier 2022, amphi Ricordeau (centre-ville).

https://smpgd2022.sciencesconf.org/

Il s’agit d’un workshop annuel, international mais réunissant essentiellement des Français, sur des aspects bio-maths/bio-info.

4 grandes thématiques seront à l’honneur cette année :

  1.  Next Generation Association Studies
    Key speaker : Iuliana Ionita-Laza (Columbia University)
    Speaker: Marie Verbanck (Université de Paris)
    Speaker: Florian Privé ( Aarhus University, Denmark)
    Speaker: Hervé Perdry (Université Paris-Saclay, INSERM)
  2. Single-Cell and Intercellular Communication
    Key speaker  : Yvan Sayes (Ghent University, Belgium)
  3. Sarscov2, Epidemiology and Phylodynamics
    Key speaker : Marion Ragonnet-Cronin (Imperial College London)
    Speaker: Guy Baele (KU Leuven, Belgium)
    Speaker: Ariane Weber (TIDE, Max Planck Institute, Deutschland)
  4.  Topological Data Analysis and other methods
    Key speaker : Mathieu Carrière (Sophia Antipolis, INRIA)Vous pouvez aussi soumettre une communication (abstract de 500 mots, deadline 1er/12).

    N’hésitez pas à vous inscrire et à y assister ! c’est gratuit !

Financement du projet ABRomics

Le 1er septembre 2021 a débuté le projet ABRomics dans lequel l’équipe COMBI et la plateforme BiRD sont partenaires.

Le projet ABRomics-PF vise à développer une plateforme en ligne intersectorielle sécurisée One Health pour rendre accessibles les données de (méta)génomique des maladies infectieuses bactériennes et leurs métadonnées cliniques et épidémiologiques associées à un méta-réseau de chercheurs comprenant des épidémiologistes, des microbiologistes cliniques et la communauté de recherche au sens large.

Plus d’infos sur : https://www.france-bioinformatique.fr/en/news/abromics-a-numerical-platform-on-antimicrobial-resistance-to-store-integrate-analyze-and-share-multi-omics-data/

L’équipe COMBI voit ses travaux dans le cadre du projet Tara Oceans publiés dans la revue Science Advances

Le plancton marin forme des communautés complexes d’organismes en interaction à la base du réseau trophique, qui soutiennent les cycles biogéochimiques océaniques, et aident à réguler le climat. Bien que des études globales commencent à révéler les facteurs écologiques sous-jacents à la structure des communautés planctoniques et à leurs réponses potentielles au changement climatique, nos connaissances sur comment ces interactions entre espèces seront affectées par le changement climatique restent très limitées.

Ici, nous avons tiré parti de l’échantillonnage Tara Oceans pour inférer un réseau de co-occurrence global du plancton océanique – l’interactome – et utilisé une modélisation écologique afin d’évaluer ses vulnérabilités aux changements environnementaux. Globalement, cela a révélé un interactome auto-organisé de façon latitudinale et par biomes marins (Trades, Westerlies, Polar) et aussi plus connecté vers les pôles. Cette modélisation écologique intégrée a révélé des réponses locales et spécifiques de l’interactome aux changements environnementaux et prédit les lignées les plus potentiellement affectées dans chaque communauté.

Ces résultats démontrent l’utilité de cette approche pour évaluer la structure de la communauté et les interactions entre les organismes dans les scénarios climatiques tout en identifiant des bio-indicateurs plausibles du plancton pour la surveillance océanique du changement climatique.

–> Lire l’article complet.

Webinaire du GDR génomique environnementale : « Microbial Horizontal Evolution »

Dans le cadre du GDR « GE », Samuel Chaffron et Damien Eveillard (équipe COMBI) organisent un webinaire sur « l’évolution microbienne horizontale »
jeudi 10 juin 2021 de 14h à 16h.

Ce séminaire sera composé de 3 exposés et un tour de table :
– Dr. Thomas Hackl (Max Planck Institute for Medical Research, Heidelberg): Tycheposons – novel mobile genetic elements abundant in marine viruses and vesicles shape Prochlorococcus’ genomic plasticity
– Dr. Olaya Rendueles Garcia (Institut Pasteur): The capsule: The best defense is not always a good offense
– Dr. Jesse Shapiro (McGill University): Pangenome evolution on human time scales
– Round table: a short debate on magnitude and scales of microbial horizontal evolution in the wild

Programme complet et inscription.

En direct du Labo avec Johanna Zoppi (doctorante associée à l’équipe COMBI)

Du 3 au 8 mai, les doctorantes du consortium Mibiogate (projet d’Etude des Barrières Biologiques et leur Microbiote dans le développement de Maladies Chroniques) se sont relayées pour tenir le compte Twitter En direct du Labo.
Le 7, c’est Johanna Zoppi, doctorante au sein des laboratoires TENS, LS2N, et Inrae PhAN qui nous a expliqué son quotidien de recherche entre paillasse et ordinateur. L’objectif de sa thèse est de faire le lien entre la présence de certains micro-organismes et l’état de la barrière de l’intestin selon différentes conditions environnementales (dont un état de stress chronique).
Retrouvez ses tweets ici.

Retrouvez l’intervention de Damien Eveillard lors de la NBC 2021 : « Approches du vivant à l’ère numérique »

« Qu’il s’agisse de prédire le comportement du vivant pour en prendre le contrôle et établir des probabilités aussi fiables que possibles, ou de volontairement laisser entrer l’imprévisibilité du vivant dans les interactions homme-machine, artiste et chercheur ont un but commun : créer l’étincelle qui permettra de mieux approcher ce vivant, et de rentrer en communication avec lui.

Aux côtés de NSDOS, un artiste qui fait de ses performances musicales des sculptures sonores, et de Damien Eveillard, un bioinformaticien océanographe, plongez dans un univers peuplé d’insectes, de plancton, de bactéries connectées, de méduses, au rythme du mouvement des éléments naturels et de beats techno qui font du bien au corps et à la tête !« 

Retrouvez cette conversation croisée, enregistrée le 11/02/21 lors de la Nuit Blanche des Chercheurs 2021, sur la chaîne Youtube de l’Université de Nantes.

Nuit Blanche des Chercheurs 2021 – Programme des conférences

Entre regards croisés en recherche, dialogues artistiques et scientifiques et avant-première… Cette année, la Nuit Blanche des Chercheurs fait le pari de l’inattendu !

En raison de l a crise sanitaire, la NBC 2021 aura lieu entièrement en ligne jeudi 11 février 2021 à partir de 18h. Seront proposés des conférences en direct sur  la chaîne Youtube de l’Université de Nantes , des ateliers, des podcats avec le Labo des Savoirs, du science dating, un spectacle et des jeux vidéos !

Le programme des conférences est disponible ici.

Damien Eveillard (équipe COMBI) interviendra à 20h15 aux côtés de NSDOS, performeur, musicien, hacker et chorégraphique, dans le cadre de la conférence « Arts & sciences ⏤ Approches du vivant à l’ère numérique »

« Plongez dans un univers peuplé d’insectes, de plancton, de bactéries connectées, de méduses, au rythme du mouvement des éléments naturels et de beats techno qui font du bien au corps et à la tête !

La goélette Tara a quitté le port de Lorient samedi 12 décembre pour débuter sa mission « Microbiomes »

Durant 2 ans, l’équipage scientifique va étudier en Atlantique Sud le microbiome. Les micro-organismes marins ont un rôle majeur dans l’Océan, un rouage fondamental dans la grande machine climatique.

Pour plus d’informations sur l’expédition : https://microbiome.fondationtaraocean.org/

La mission Tara Microbiomes est une mission flagship du projet AtlantECO porté par l’équipe COMBI.

AtlantECO est un projet de recherche ambitieux financé par l’Union européenne pour explorer l’océan Atlantique afin de mieux connaître les régions sous-étudiées de l’Atlantique Sud (comparativement à l’Atlantique Nord). Le projet cartographiera les connaissances nouvelles et existantes sur les microbiomes trouvés dans les rivières, les eaux côtières, l’océan ouvert, les sédiments marins, les déchets plastiques et l’atmosphère. À l’aide d’approches génétiques, d’imagerie et environnementales de prochaine génération, AtlantECO développera des outils de diagnostic et des mesures pour évaluer l’état des microbiomes de l’Atlantique et de leurs services écosystémiques. Il déterminera comment les régions marines et leurs écosystèmes sont connectés en développant des modèles qui tiennent compte des processus dynamiques tels que les panaches fluviaux et la circulation océanique. Couplés aux scénarios climatiques futurs, ces modèles aideront à prédire la migration des espèces, la capacité de l’océan à capturer et stocker le dioxyde de carbone atmosphérique, le transport des polluants, et l’équilibre entre la santé des écosystèmes et les activités humaines.

Plus d’infos sur la page Facebook de la fondation : https://www.facebook.com/fondationtaraocean

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